Trường ĐH Khoa học Tự nhiên – ĐHQG-HCM có 02 cơ sở: một tại 227 Nguyễn Văn Cừ, Phường 4, Quận 5 (cơ sở 1) và cơ sở 2 nằm trong Khu đô thị Đại học Quốc gia TP.HCM tại Phường Linh Trung, Thành phố Thủ Đức.
Cơ sở 1 được dành cho sinh viên giai đoạn chuyên ngành và sau đại học. Có hơn 50 phòng học có sức chứa từ 30 đến 150 chỗ ngồi, với đầy đủ hệ thống chiếu sáng, âm thanh, bảng. Một số phòng học được trang bị máy tính, hệ thống máy chiếu phục vụ cho việc giảng dạy và học tập. Có 2 giảng đường với sức chứa trên 300 chỗ (giảng đường 1) và gần 500 chỗ (giảng đường 2). Các giảng đường này được trang bị hệ thống máy tính, âm thanh và máy chiếu. Ngoài ra, còn có một phòng hội nghị có sức chứa trên 200 chỗ phục vụ cho các buổi họp, hội thảo, hội nghị trong nước và quốc tế.
Cơ sở 2 được dành cho sinh viên giai đoạn đại cương với hơn 60 phòng học có sức chứa từ 30 đến 200 chỗ. Các phòng học đều được trang bị đầy đủ hệ thống chiếu sáng, âm thanh, bảng. Trong đó, nhiều phòng học đã có hệ thống máy chiếu. Có một giảng đường với sức chứa trên 400 chỗ. Ngoài ra, cơ sở này được xây dựng mới trong khuôn viên rộng rãi thuộc Khu đô thị ĐHQG-HCM. Do đó, cơ sở này có hạ tầng đồng bộ và hiện đại, bao gồm cả hệ thống sân bãi, nhà tập luyện phục vụ cho các hoạt động thể dục thể thao và giải trí của sinh viên.
Nhà trường cũng đã trang bị hơn 30 máy chiếu và 10 màn chiếu di động hỗ trợ cho các hoạt động giảng dạy và học tập của giảng viên và sinh viên. Hầu hết các khu vực trong khuôn viên trường được phủ sóng WiFi để truy cập internet. Ngoài những cơ sở vật chất, trang thiết bị của trường, Khoa Công nghệ Thông tin (CNTT) cũng trang bị gần 10 máy chiếu và một số máy tính xách tay để phục vụ cho việc giảng dạy, học tập và nghiên cứu của giảng viên và sinh viên.
Trong những năm tới, nhà trường sẽ tiếp tục đầu tư xây dựng nhằm đưa Cơ sở 2 trở thành một trong những môi trường giảng dạy và học tập tốt nhất ở Việt Nam.
